Desde su llegada, quizás en el siglo VIII, se veneraba la sagrada reliquia de la Cruz de Cristo en Santo Toribio. Sin embargo es a principios del siglo XVI cuando, teniendo en cuenta la tradición, los papas Julio II y León X ratifican definitivamente el Jubileo, con indulgencia plenaria para los años en que la fiesta de Santo Toribio (el 16 de abril) coincide en domingo, extendiéndose la gracia también a los siete días siguientes a la fiesta.

Con tal motivo se construyó en dicha época la Puerta del Perdón, que se abre durante el Año Jubilar. A lo largo de toda la época barroca fue importante el culto a la sagrada reliquia y en particular durante los años Jubilares.

En 1967 el papa Pablo VI amplio el privilegio de ganar el jubileo a todos los días del año, siendo extraordinaria la afluencia de peregrinos y público en general que acuden al monasterio en los años jubilares.

La cofradía de la Santa Cruz fue creada en el año 1181, promovida por los obispos de León, Palencia , Burgos y Oviedo, quizás con el fin de apoyar económicamente al monasterio que sufría una etapa decadente.

Con el tiempo la cofradía de Santo Toribio se denominó de la Santísima Cruz, sobre todo a partir del siglo XVI con la institución del Jubileo, por la importancia que iba adquiriendo el culto a la reliquia, celebrándose su fiesta el día 3 de mayo, en conmemoración de la invención o descubrimiento de la Santa Cruz.

Seis de los cofrades activos tienen la obligación de asistir, todos los viernes y el día de la festividad de la Cruz a la procesión del "Lignum Crucis" llevando el palio y la luminaria de la compañía.

El lema del Año Santo: "La Cruz, signo de vida"

Don José Vilaplana, obispo de Santander, comentó la frase diciendo: La Cruz es signo de la vida nueva que brota de Cristo muerto y resucitado para todos los hombres de la tierra; vida nueva que para cada uno de nosotros comenzó el día de nuestro bautismo; en ese mismo día fuimos marcados por la cruz de Cristo, porque la señal del cristiano es la Santa Cruz.

Condiciones para obtener la "gracia jubilar"

a) Rezar:

- El Padrenuestro (como signo de que volvemos al Padre Dios)
- El Credo (como renovación de nuestra fe)
- Una oración por el Papa (Padrenuestro, Salve, Avemaría)

b) Confesión y comunión en el mismo día o en una fecha próxima (15 días antes o después de la peregrinación)

La "Misa del peregrino"

Tendrá lugar todos los días a las 12,00 horas (los años Jubilares).